Kann man bei der Verwendung von entsprechenden Peptidsubstraten - anstelle der hier verwendeten Estersubstrate - die Aktivität der Proteasen ebenfalls anhand einer pH-Verschiebung nachweisen? -> Antwort Ja, wenn auch nicht so einfach wie mit einem Estersubstrat. Die Schwierigkeit bei einem Peptidsubstrat besteht darin, dass bei der Hydrolyse eine freie α-Aminogruppe (anstelle eines Alkohols) entsteht, welche als Puffer wirkt und das von der COOH-Gruppe freigesetzte Proton binden kann. Der pK1-Wert der α-Aminogruppe beträgt ~ 9 (s. Tabelle Kursheft S. 25). Beim anfänglichen pH-Wert von 9 im Versuch wird demnach jeweils etwa die Hälfte der freigesetzten Protonen von der α-Aminogruppe abgefangen. Mit zunehmenden Fortschreiten der Reatktion wird der pH-Wert absinken, sich jedoch nie unter den Pufferbereich der α-Aminogruppe bewegen. Phenolrot (pKa= 7.9) wäre demnach als Indikator nicht geeignet um dieses Absinken des pH-Wertes zu erfassen. Indikatoren mit höheren pKa-Werten oder direkte pH-Messungen (insbesondere bei pH-Werten > 9) würden jedoch durchaus erlauben, das Absinken des pH-Wertes bei der Hydrolyse von Peptidresten festzustellen.