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Oligonucleotid-Primer

Primer werden auch als Starter-Moleküle bezeichnet. Sie binden an komplementäre Abschnitte des Matritzenstrangs. Die DNA-Polymerasen verlängern die Primer an deren 3'-Hydroxylende. In der Regel sind Primer kurze Oligonucleotide. Bei der DNA-Replikation in der Zelle wirken kurze RNA-stücke als Primer zur Synthese des Folgestrangs.

Bei der PCR werden synthetisch hergestellte Oligonucleotid-Primer verwendet um ausgesuchte Bereiche einer DNA-Zielsequenz mit der Taq-Polymerase zu vervielfältigen.

Primer 1: 5'-ACCGGTAACGTTCTACCGCAG-3'

Primer 2: 5'-CAATTCAATGGCTTTGTCGGTC-3'

Die beiden Primer umschliessen in der untenstehenden DNA-Sequenz ein Fragment von 501 bp Grösse. Beachten Sie, dass Primer 2 die umgekehrte Orientierung und komplementäre Sequenz zur Zielsequenz hat.

DNA-Sequenz mit PCR-Region

400921 tagtcgcttt gtttttattt tttaatgtat ttgtacatgg agaaaataaa gtgaaacaaa
400981 gcactattgc actggcactc ttaccgttac tgtttacccc tgtgacaaaa gcccggacac
401041 cagaaatgcc tgttctggaa aaccgggctg ctcagggcga tattactgca cccggcggtg
401101 ctcgccgttt aacgggtgat cagactgccg ctctgcgtga ttctcttagc gataaacctg
401161 caaaaaatat tattttgctg attggcgatg ggatggggga ctcggaaatt actgccgcac
401221 gtaattatgc cgaaggtgcg ggcggctttt ttaaaggtat agatgcctta ccgcttaccg
401281 ggcaatacac tcactatgcg ctgaataaaa aaaccggcaa accggactac gtcaccgact
401341 cggctgcatc agcaaccgcc tggtcaaccg gtgtcaaaac ctataacggc gcgctgggcg
401401 tcgatattca cgaaaaagat cacccaacga ttctggaaat ggcaaaagcc gcaggtctgg
401461 cgaccggtaa cgtttctacc gcagagttgc aggatgccac gcccgctgcg ctggtggcac
401521 atgtgacctc gcgcaaatgc tacggtccga gcgcgaccag tgaaaaatgt ccgggtaacg
401581 ctctggaaaa aggcggaaaa ggatcgatta ccgaacagct gcttaacgct cgtgccgacg
401641 ttacgcttgg cggcggcgca aaaacctttg ctgaaacggc aaccgctggt gaatggcagg
401701 gaaaaacgct gcgtgaacag gcacaggcgc gtggttatca gttggtgagc gatgctgcct
401761 cactgaaTtc ggtgacggaa gcgaatcagc aaaaacccct gcttggcctg tttgctgacg
401821 gcaatatgcc agtgcgctgg ctaggaccga aagcaacgta ccatggcaat atcgataagc
401881 ccgcagtcac ctgtacgcca aatccgcaac gtaatgacag tgtaccaacc ctggcgcaga
401941 tgaccgacaa agccattgaa ttgttgagta aaaatgagaa aggctttttc ctgcaagttg
402001 aaggtgcgtc aatcgataaa caggatcatg ctgcgaatcc ttgtgggcaa attggcgaga
402061 cggtcgatct cgatgaagcc gtacaacggg cgctggaatt cgctaaaaag gagggtaaca
402121 cgctggtcat agtcaccgct gatcacgccc acgccagcca gattgttgcg ccggatacca
402181 aagctccggg cctcacccag gcgctaaata ccaaagatgg cgcagtgatg gtgatgagtt
402241 acgggaactc cgaagaggat tcacaagaac ataccggcag tcagttgcgt attgcggcgt
402301 atggcccgca tgccgccaat gttgttggac tgaccgacca gaccgatctc ttctacacca
402361 tgaaagccgc tctggggctg aaataaaacc gcgcccggca gtgaattttc gctgccgggt
402421 ggtttttttg ctgttagcaa ccagacttaa tggcagatca cgggcgcata cgctcatggt
402481 taaaacatga agagggatgg tgctatgaaa ataacattac tggttacctt gcttttcggt

Das mutierte Gen hat an Position 401768 ein T und enthält damit eine Schnittstelle für das Restritkionsenzym EcoR I (grüne Markierung). Die Produkte eines Restriktionsverdaus sind in diesem Fall 300 und 200 bp gross. Der Wildtyp enthält an dieser Stelle kein T und somit keine EcoR I-Restriktionsschnittstelle. Das PCR-Produkt des Wildtyp-gens bleibt auch nach Verdau mit EcoR I 501 bp gross.

weitere Namen: Primer, Oligonucleotid, Oligo, PCR-Primer, Starter-DNA